Как оказалось, если на сервере есть confoglcompmod.smx, то плагин l4d2lib.smx считывающий данные по карте и спавн поинтам боссов берет данные не из своего стандартного пути configs/l4d2lib/mapinfo.txt, а из: configs/confogl/mapinfo.txt если матч не загружен (ванилла), а если загружен так вообще из папки конфига матча, так вот он был у нас полузаполненый. Закинул из папки configs/l4d2lib/mapinfo.txt.